Kljub temu, da je bil Trubar star šele 19 let, ga je škof Bonomo leta 1527 poslal v službovanje v njegovo prvo župnijo. Službovanje Trubarja v Loki pri Zidanem mostu pa je bilo kratkotrajno, saj se je Trubar raje odločil za nadaljevanje svojega bogoslovnega študija na Dunaju . Ker so bili v tistem času pogosti vpadi Turkov so leta 1529 bogoslovno šolo zaprli, Trubar pa se je vrnil v Slovenijo. Škof Bonomo je Trubarja leta 1530 posvetil v duhovniški stan in ga določil za vikarja v Laškem. V Laškem je Trubar učil in pridigal v skladu s svojo izobrazbo in kakor mu je narekovala vest, torej po naukih Erazma Roterdamskega, čemur pa tamkajšnji farani niso bili naklonjeni. Zaradi teh nesoglasij je Trubar odšel v Ljubljano, kjer je deloval kot stolni pridigar. V svojih pridigah je razglašal nauke Martina Luthra in svetopisemsko razlago Bullingerja in Pellicana. Zaradi tega ga je deželni poglavar Kranjske 1540 izgnal iz dežele. Po izgonu je Trubar ponovno odšel v Trst k škofu Bonomu, kjer je postal slovenski pridigar in škofov osebni tajnik. Škof Bonomo je pri ljubljanskem škofu Kacijanarju dosegel, da se je Trubar smel vrniti v Ljubljano že leta 1542, kot kanonik in stolni pridigar. Kaj kmalu je Trubar v Ljubljani dokončno izoblikoval svoj jezik in postal zelo dober govornik. Njegovi privrženci so bili zlasti kranjsko plemstvo in meščani. Leta 1543 je bil v Ljubljani posvečen nov škof in sicer škof Urban (Kalca) Tekstor, ki je kot vnet katolik nasprotoval prostestanskemu gibanju. Trubar je bil z njegovim odlokom leta 1547 premeščen kot vikar v Šentjernej. Ker pa je Trubar izvedel, da je ta premestitev samo navidezna in da se ga želijo znebiti, je prebegnil v Nemčijo, najprej v kraj Nuerenberg. Iz Nuerenberga je odšel v Rothenburg ob der Tauber, kjer je dobil službo drugega pridigarjaLeta 1551 je dobil župnijo v Kemptnu. Leta 1560 je dobil novo župnijo in sicer v Urachu.
V času Trubarjeve odsotnosti iz Slovenije se je predvsem med deželnimi stanovi utrdil protestantizem. Za dobro organizacijo protestanske cerkve v Sloveniji so zato rabili izkušenega moža, zato so povabili k sodelovanju Trubarja. Tako se je Trubar vrnil v Slovenijo junija 1561, kjer je doživel veličastni sprejem. Že v kratkem času je Trubar dosegel, da so bili v vseh večjih mestih postavljeni protestantski pridigarji. Ko je bilo to delo opravljeno, se je Trubar vrnil v Urach. Leta 1562 se je vrnil v Ljubljano kot protestantski dekan. Leta 1564 je bil obsojen in izgnan iz Ljubljane, saj je s svojo knjigo Cerkvena ordnunga, ki jo je izdal 1564, po mnenju deželnega kneza posegel v njegove pravice. Po izgonu se je naselil v kraju Derendingen v Nemčiji, kjer je preživel tudi večino časa do svoje smrti. Pred smrtjo se je vrnil leta 1567 za kratek čas v Slovenijo. Umrl je 28. junija 1586 v kraju Derendingen, kjer je tudi pokopan.

Obwohl Trubar erst 19 Jahre alt war, hat ihm der Bischof Bonomo 1527 sein erstes Pfarramt zugeteilt. Der Dienst als Pfarrer war aber kurz, weil sich Trubar lieber für die Fortführung des Religionstudiums in Wien entschieden hat.

Die Einbrüche von Türken waren in der Zeit sehr häufig, so dass die Schule in der Trubar ausgebildet wurde, geschlossen wurde.

Der Bischof Bonomo hat Trubar 1530 zum Vikar in Laško ernannt. In Laško hat Trubar gelehrt und gepredigt so wie er ausgebildet war und wie es sein Gewissen verlangt hat, also nach der Lehre von Erazem von Rotterdam, womit die Gemeinde nicht zufrieden war.

Wegen diesen Meinungsverschiedenheiten ist Trubar nach Ljubljana gegangen, wo er im Dom gepredigt hat. In den Predigten hat er die Lehre von Martin Luther und die Erklärungen der Bibel von Bullinger und Pellican verkündigt. Aus diesem Grund wurde er 1540 aus dem Land Krain aus der Landeshauptstadt vertrieben.

Danach ist er zu Bischof Bonomo in Triest gegangen, wo er slowenischer Prediger und Bischofs privater Sekretär geworden ist. Bischof Bonomo hat bei dem laibacher Bischof Kacijanar erreicht, dass Trubar schon 1542 nach Ljubljana als Domherr (Domkapitular) und Prediger in den Dom zurückkehren durfte.

Schon bald hat Trubar endgültig seine Sprache geformt und sich zum guten Prediger entwickelt. Seine Anhänger waren vor allem die Adeligen und Bürger. Im Jahre 1543 wurde in Ljubljana der neue Bischof Tekstor, der als eifriger Katholik und Gegner von Protestanten bekannt war, geweiht.

Trubar wurde mit einem Erlass im Jahr 1547 als Vikar nach Štentjernej versetzt. Weil Trubar erfahren hat, dass die Versetzung nur Schein war und dass man ihn los werden wollte, ist er nach Deutschland geflohen, zuerst in die Stadt Nürnberg.

Aus Nürnberg ist er nach Rothenburg ob der Tauber gegangen ist, wo er die Arbeit als zweiter Prediger bekommen hat.

Im Jahr 1551 hat er den Pfarerramt in Kempten zugeteilt bekommen. Im Jahr 1560 hat er einen neues Pfarramt in Urach bekommen.

In der Zeit Trubar`s Abwesenheit aus Slowenien, hat sich vor allem in der Oberschicht der Protestantismus gefestigt. Um die protestantische Kirche gut organisieren zu können, wurde ein erfahrener Mann gebraucht un so wurde Trubar als Mitarbeiter eingeladen.

Trubar ist im Jahr 1561 nach Slowenien zurückgekehrt, wo er einen überwältigenden Empfang erlebt hat. In kürzester Zeit hat Trubar erreicht, dass in allen grösseren Städten protestanische Prediger eingestellt wurden.

Nachdem er das erreicht hat, ist Trubar nach Urach zurückgekehrt. Im Jahr 1562 ist er als protestanischer Dekan nach Ljubljana zurückgekommen.

Im Jahr 1564 wurde er verurteilt und aus Ljubljana vertrieben, weil sein Buch »Cerkvena ordnunga«, die im Jahr 1564 erschienen ist, das nach Meinung des Landesfürstes seine Rechte angegriffen hat.

Nach der Vertreibung hat er sich in Derendingen in Deutschland niedergelassen, wo er auch die meiste Zeit bis zu seinem Todt gelebt hat. Kurz vor dem Tod ist er 1567 für kurze Zeit nach Slowenien zurückgekehrt.

Truber ist am 28. Juni 1586 im Ort Derendingen gestorben und ist dort auch begraben.